Το Ινστιτούτο ΚΥΒΕΛΗ συνεργάζεται με φορείς της Σύρου, εθνικούς και διεθνείς οργανισμούς για την ανάπτυξη κοινών δραστηριοτήτων και την εκπόνηση προγραμμάτων. Συμμετέχει συστηματικά στα «Ερμουπόλεια», ετήσιο θεσμό θερινών καλλιτεχνικών και πολιτιστικών δρώμενων που διοργανώνει το Πνευματικό Κέντρο του Δήμου Ερμούπολης Σύρου και συνεργάζεται με το ιστορικό Δημοτικό Θέατρο «Απόλλων», προνομιακό χώρο για τη διοργάνωση εκδηλώσεων και προβολή εκθεμάτων από τις συλλογές του Ινστιτούτου. Στο πλαίσιο του προγραμματισμού του για την ανάδειξη της τοπικής ιστορίας του νησιού, το Ισντιτούτο συνεργάζεται με το Ναυτικό Μουσείο Ελλάδος για τη διοργάνωση εκδηλώσεων (όπως αυτές της 50ετίας του Ν.Μ.Ε.) και εκπαιδευτικών προγραμμάτων, που αφορούν τη Σύρο ως ναυτικό και εμπορικού κόμβο αλλά και επίκεντρο των θαλάσσιων διαδρομών των θιάσων της μητροπολιτικής Ελλάδος προς την ομογένεια της ελληνικής Διασποράς. Ακόμα συνεργάζεται με το Φωτογραφικό Κύκλο και το παράρτημά του στη Σύρο, για την οργάνωση και τον εμπλουτισμό της Φωτοθήκης του, αλλά και τη συνδιοργάνωση σεμιναρίων και εκθέσεων σχετικά με την ιστορία του νεοελληνικού θεάτρου.

Το Ινστιτούτο ΚΥΒΕΛΗ συμπράττει με φορείς που δραστηριοποιούνται και εκτός εθνικών συνόρων, για την ανάπτυξη κοινών δράσεων. Με άξονα αυτή τη στοχοθεσία, έχει γίνει παράρτημα του Εθνικού Κέντρου Σπουδών Πιραντέλλο για την περιοχή της Νοτιανατολικής Ευρώπης, της Κύπρου και της Τουρκίας. Στο πλαίσιο της συνεργασίας αυτής πραγματοποιήθηκε η σύσταση του θεσμού «Πλωτό Θέατρο» -'Teatro Galleggiante', με σκοπό την προβολή νέων δημιουργιών σε χώρους εγκαταλελειμμένων ναυπηγείων της Μεσογείου. Επιπλέον συνεργάζεται με το Βαλκανικό Μουσικό Φόρουμ για το σχεδιασμό και την υλοποίηση της Πολιτιστικής Μπιενάλε Νοτιανατολικής Ευρώπης, με σκοπό την προβολή του πολιτισμού και των τεχνών ως μέσου καλής γειτονίας και ανάπτυξης της περιοχής. Το πρόγραμμα τελεί υπό την αιγίδα του Υπουργείου Εξωτερικών.

Στον τομέα της έρευνας και της τεκμηρίωσης των συλλογών και του αρχειακού υλικού του, το Ινστιτούτο ΚΥΒΕΛΗ συνεργάζεται με φορείς που διακονούν σχετικά ερευνητικά πεδία, όπως το Ελληνικό Λογοτεχνικό και Ιστορικό Αρχείο (Ε.Λ.Ι.Α.), τα Ιδρύματα Γεωργίου και Ανδρέα Γ. Παπανδρέου, το Σπουδαστήριο Νέου Ελληνισμού και το Μουσείο Μπενάκη. Στον ίδιο τομέα αλλά και σε κοινές πρωτοβουλίες, όπως η διοργάνωση θεατρολογικών συνεδρίων σε εθνικό και διακρατικό επίπεδο, εστιάζεται η συνεργασία του Ινστιτούτου με το Κέντρο Μελέτης και Έρευνας του Ελληνικού Θεάτρου-Θεατρικό Μουσείο. Για τη διαχείριση των πολύτιμων πολιτιστικών δεδομένων του αρχείου του αλλά και για την ανάδειξη της ενότητας του Πανοράματος του 20ού αιώνα, φυσικός εταίρος του Ινστιτούτου είναι το Τμήμα Μηχανικών Σχεδίασης Προϊόντων και Συστημάτων του Πανεπιστημίου Αιγαίου.